L’AVF est une maladie dont la cause reste inconnue.

Le cerveau des patients est capable de produire les crises, sans autre lésion identifiable. Plusieurs études se sont concentrées sur l’hypothalamus, une structure cérébrale qui contrôle les cycles éveil-sommeil et la sécrétion de plusieurs hormones.

Lors d’une crise d’AVF, une zone en lien avec l’hypothalamus fonctionne anormalement et active les structures responsables de la douleur de la face, et par réflexe, le système nerveux végétatif qui entraîne le larmoiement, la congestion nasale et les autres symptômes associés.